時は、D世界が滅びた後のB世界。
ある日に、突如としてオニキスは機能を停止して動かなくなった、その原因を探るべくして、シオンはオニキスに起きた異変を調べていくうちに、シオンにも異変が起きる。
目の前に残った機能停止した、オニキスの残骸だけを前にしてシオンは心の隙を見せてしまったがばかりに。
オニキスの残骸に潜んでいた何かがシオンの心の隙につけ込み、シオンを乗っ取ろうとする。
その正体は、以前に漆黒龍凰によって破壊されたはずの邪神、エクスデウスであった。
その邪神は長きにわたって増殖していて、たとえ別の個体が倒されようとも生き残った個体が心に隙を見せた者を乗っ取ることで、この世界を混沌に陥れようとしている。
シオンは少しだけでもオニキスを機能停止させた者に対する復讐心を持ってしまったがために、邪神により悪意の媒介者として一体化してしまう。
シオンはたちまち世界に対して呪いを振り撒き、世界は一瞬にして邪悪な力で満たされてしまった。
しかし、そんな中でもエリスはこの異変に立ち向かうために漆黒龍凰、そしてゲキと共に邪神と一体化したシオンのところへと向かう。
ゲキは神獣の姿に戻ることも出来るために戦闘時にはネコの姿から機械龍の姿に変身する。
シオンは邪神によって操られているだけではなく、かすかながらも抵抗しており、エリスの力の源である地球の核には手を出さないようにしていた。
エリス達はシオンを邪神から解放させるためにシオンの影に潜む邪神を攻撃しようとするも、実体化をしていない邪神を攻撃することを出来ずにいた。
漆黒龍凰はシオンごと撃ち抜けば邪神を破壊できるが、エリスはそれだけは反対した。
また、ゲキは自分が抑えていれば、シオンに害は与えずともゲキを邪神もろとも漆黒龍凰によって破壊できるというが、それでもやはり、犠牲を出さないことが第一だと思い、エリスは別の案として、元創造神である漆黒龍凰に神獣のように一体化はできないかと提案する。
エリスが漆黒龍凰と一体化することで刀に破壊粒子砲のエネルギーを込めて飛ばす精密な射撃手段を得ることができるため、それによってゲキが抑えることも無駄にならずに済むという算段になる。
漆黒龍凰は自分がどうなるかわからないが、エリスと一体化して力を貸すことを決意し、エリスは新たな姿となる。
エリスはゲキにシオンの拘束を任せ、破壊粒子矢を放つために自らの刀を二つ合わせ、弓に変え、レイピア状の刀を矢に変えた。
ゲキがシオンを抑え、反撃を食らい半壊していく中、ついにエリスの破壊粒子の準備が整い、矢は放たれた。
結果はシオンの陰に潜む邪神にのみ直撃し、破壊粒子により邪神は滅びていく。
そして、シオンは邪神から解放され、機能停止していたオニキスも邪神が滅びたことによってエリスとシオンによって2度と邪神などによる影響を受けないように改修と修復され、目覚める。
エリスはどことなく救えた二人をみて、安心して去るも、その心の中では優しく笑っている。
しかし、この世界に潜む邪神との戦いは世界に悲しみや怒りの嘆きによる呪いがあり続ける限り、終わらないであろう。
